项目管理
百迈客云平台以项目为中心,将项目进展、任务、数据、样品信息等统一放到项目中进行管理。
我的项目
创建项目
自建项目
在我的项目
页面,点击新建项目
,可以开始创建自己的项目,如下图,项目名称
必须输入,且建议只输入中文、数字、字母、中横线、下划线、点等字符,不要输入空格等非常特殊的字符,项目描述
中可以填写一些关于该项目的详细说明,便于对该项目的内容有一个大致了解。
云服务项目
由科技服务部分析完成的项目,简称云服务项目
,运营人员会通过后台管理员系统给您创建一个项目,并将结题报告推送到该项目中,之后您便可以在云上直接查看结题报告,并进行一系列个性化分析。
项目进展
我的任务
当您通过分析平台或者工具提交一个任务之后,可以到我的任务
中查看任务的详情,任务列表如下图:
任务筛选
点击任务列表左上角的任务名称
,通过输入工具名或者任务提交时间对任务进行筛选,如下图:
任务详情
点击任务列表的第一列任务名称
可以查看任务详细信息,包含任务基本信息、输入文件、参数设置、输出文件、日志信息、报错信息。
我的数据
目录说明
我的数据
├── 个人数据
├── biomarker_project #项目数据目录,存放项目的分析结果文件等
├── biomarker_raw_data #存放推送数据时“是否推送固定目录”选择为“固定”时的数据
├── saved_data #该目录存放从各数据库中保存入的数据
│ ├── gene_data #从功能基因数据库保存的数据
│ ├── GEO #从GEO数据库保存的数据
│ └── raw_sequencing_data #从高通量测序数据库保存的数据
├──Tools_files
│ ├── Tool_input #工具和个性化使用时直接从本地上传的输入文件,按照年月进行命名
│ └── Tool_output #工具的输出目录,以工具名和时间戳方式命名
├── ftp_upload #ftp上传后数据存放目录
└── files #用户自己创建的目录或者上传的数据
├── 公共数据
├── BMK-Genome_data #百迈客云参考基因组数据库目录
├── BMKCloud_Getting_Started.pdf #百迈客云用户快速入门手册
├── BMK_sample_data
│ ├── APP #分析流程测试数据目录
│ └── Tools #工具测试数据目录
└── BMK_user_manuals #百迈客云用户使用手册目录
[warning] 注意:
以上目录(除去自己创建或者上传的文件)均由系统创建,因此不能删除和移动操作。
功能说明
graph LR;
mydata(我的数据) --> quick-button(快捷按钮);
mydata(我的数据) --> more(更多按钮);
mydata(我的数据) --> right(右键功能);
mydata(我的数据) --> count(选择计数);
mydata(我的数据) --> pdir(快速切换目录);
mydata(我的数据) --> search(文件检索);
quick-button(快捷按钮) --> func(上传, 下载, 删除, 新建文件夹);
more(更多按钮) --> func1(移动到, 复制到, 文本合并, 查看属性, 上传到SRA);
right(右键功能) --> func2(打开, 下载, 重命名, 删除, 移动到, 复制到, 打开所在目录, 查看属性, 上传到SRA);
right(右键功能) --> func3(右键工具: 格式转换, 文本处理, fasta工具, fastq工具);
快速切换目录
如下图所示,点击下拉列表中的目录,可以实现快速进入对应目录
文本合并
选中2个以上的文本文件文件,可以进行此项操作,云平台上的文本文件包含以下所有类型,同时支持调整所选择的样品的顺序
graph TB;
txt(txt) --> fasta(fasta);
txt(txt) --> fastq(fastq);
txt(txt) --> xls_txt(xls_txt);
txt(txt) --> vcf(vcf);
txt(txt) --> sam(sam);
txt(txt) --> gff(gff);
xls_txt(xls_txt) --> bed(bed);
xls_txt(xls_txt) --> exp(exp);
xls_txt(xls_txt) --> ed(ed);
xls_txt(xls_txt) --> sv(sv);
xls_txt(xls_txt) --> idxy(idxy);
xls_txt(xls_txt) --> density(density);
文件检索
支持分别在
个人数据
和公共数据
中进行检索,选中个人数据
显示如下:支持文件类型的选择
- 支持文件大小的选择,可以设置文件大小的筛选范围,并支持修改文件大小单位(KB、MB、GB)
- 支持通过创建日期进行筛选
检索结果如下:
文件上传
直接上传,由于网页文件传输受网络稳定性影响很大,因此当文件超过200M时,强烈建议使用FTP上传数据,否则很容易导致上传的文件不完整,而影响使用。
FTP上传
点击
FTP上传
之后,系统会给您平台绑定的邮箱发送一封邮件,邮件中包含了FTP账号和密码,已经使用说明,请您按照邮件中提示进行数据上传,遇到问题可以随时联系在线客服。