分析平台入门引导

目前百迈客云包含丰富的分析流程,涵盖转录组、非编码RNA、微生物、蛋白、代谢、联合分析等,通过这些分析流程,只需轻松几步,即可获得内容丰富的标准分析报告,再也不用等待科技服务公司排队进行分析。

轻松几步获取标准分析报告

1. 选择合适的分析平台

百迈客云包含农学和医学两大类分析平台,医学分析平台主要针对人、鼠数据的分析,包含:转录组、非编码RNA、单基因病外显子、肿瘤外显子、重测序等数据分析,以及全转录组联合分析;农学分析平台可以应用到更多的物种,涵盖转录组、非编码RNA、微生物、蛋白、代谢等数据的分析,以及全转录组联合分析等。点击左侧导航分析->农学或者医学打开分析平台列表页面,点击选择您想要使用的分析平台,打开其详细介绍页面,该页面可以看到该平台的应用领域``平台介绍``技术背景``案例``课堂``版本记录,点击打开软件即可进入到参数页面。

成熟分析平台

[info] 提示:

  1. 分析平台列表页,logo上带有极速体验标签的分析平台支持使用示例数据快速获取一份分析报告,并进行个性化功能体验,可以参考分析平台极速体验

  2. 分析平台显示已购买则可以进行自己数据的分析,显示为未购买则没有权限分析自己的数据,但仍可以进行极速体验

2. 选择项目

为了方便数据、任务和报告的管理,我们将同属于一个项目的内容会放到一个项目中,因此进行基本分析时需要先选择一个项目,如果没有项目也可以点击+新建先创建一个项目,见下图。

创建项目

3. 数据导入

针对FASTQ测序数据,平台支持两种导入方式:

  • 方式1:选择文件夹批量导入,双端测序数据必须分别以_1.fq和_2.fq结尾,系统便会自动对数据进行配对,而且多个目录中的文件可以分多次导入进来一起进行分析;
  • 方式2:当有某一个样品的数据没有和大部分数据放在同一个文件夹时,可以通过方式2单独导入该样品的数据,双端数据只需导入一个文件,系统会自动识别出配对的另外一个文件导入进来。

导入数据之后,可以根据自己的需要修改样品ID,由于此处设置的ID会体现在分析报告和分析结果中,因此请慎重考虑后再设置,避免重新分析的麻烦。

如果平台上还没有您自己的数据,请参考数据上传先将您的数据传到云平台上。

[warning] 注意:

  1. 样品ID目前仅支持字母、数字、中横线,且必须以字母开头,长度不能超过9个字符。

  2. 导入数据量统计的是导入文件中包含的总碱基数,如果超过单次任务允许的上限,您可以通过工具:按大小截取测序数据批量将数据处理到符合要求的数据量。

  3. 如果提示导入的数据没有碱基数这个属性,请点击页面右下角的在线客服头像,联系客服解决。

数据导入

4. 基本参数设置

一般在这里选择生信流程版本、设置报告名称等基本参数。

基本参数设置

5. 选择参考基因组

对于依赖参考基因组序列进行分析的平台,一定要选择和分析数据对应的参考物种及组装版本,不同版本的参考基因组的详细信息可以点击基因组版本详情进行查看。

3选择参考基因组

6. 差异分组设置

根据样品信息,进行分组的设置,流程据此进行比较分析。

4差异分组设置

7. 生成标准分析报告

参数设置完成之后,可以点击保存参数,方便之后进行重新分析或者基于本次参数进行修改后再次分析;一切准备就绪后,点击提交将任务提交到百迈客云计算集群上,根据不同分析平台、不同数据量等待大概2小时到3周的时间完成项目分析,获取到标准分析报告。

报告查看,点击项目(管理) -> 我的项目打开项目列表,找到之前提交任务时选择的项目,点击项目名称打开该项目,即可看到新生成的分析报告记录,点击报告名称查看详细报告。

点击报告右上角的项目结果下载,可以选择下载HTML报告、PDF报告和结果数据。HTML报告只包括分析报告的html文件及一个src文件夹,展示了部分结果;PDF报告是根据HTML报告转换而来,方便您进行报告打印;结果数据包含了项目中所有结果文件,一般比较大,请耐心等待下载。

report-list

5生成报告

基本分析演示视频

灵活多样的个性化功能,助力二次数据挖掘(以转录组分析平台为例)

1. 内涵丰富的功能

1内涵丰富的功能

2. 简洁的参数设置页面

2简洁的参数设置页面

3. 灵活的基因筛选方式

a. 通过功能关键词、基因ID、基因名、序列信息等进行检索:

2直接检索

通过与绘制的图进行交互,筛选出目的基因,如在下图的KEGG通路富集图中,单击选中感兴趣的通路对应的圈,再点击确定就可以筛选出指定通路中富集的基因,目前支持交互的图包含:COG分类图、KOG分类图、eggNOG分类提、GO分类图、GO富集图、KEGG分类图、KEGG富集图、聚类热图、维恩图等。

1通过图形交互检索

4. 多样的绘图类型

包含柱状图:eggNOG、GO分类图、KEGG分类图,散点图:KEGG富集图、MA图、火山图,其他:热图、venn图、树形图、网络图、通路图等,所有图至少包含一类矢量图,如:PDF或者SVG。

合并后的效果图

5. 分析结果保存和回显

完成个性化分析之后,您可以将本次分析结果一一保存下来,方便之后再次查看。在个性化结果页面,点击保存 -> 分析结果保存,然后填写一些本次个性化的相关信息,点击保存按钮,即可以将分析结果保存到研究进展记录中,参考以下两幅图。

save-result

save-result-form

再次查看之前的分析结果,点击研究进展记录,找到刚才保存的那条记录,点击名称列,即可回显出刚才的分析结果。

recall-result

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