分析平台入门引导
目前百迈客云包含丰富的分析流程,涵盖转录组、非编码RNA、微生物、蛋白、代谢、联合分析等,通过这些分析流程,只需轻松几步,即可获得内容丰富的标准分析报告,再也不用等待科技服务公司排队进行分析。
轻松几步获取标准分析报告
1. 选择合适的分析平台
百迈客云包含农学和医学两大类分析平台,医学分析平台主要针对人、鼠数据的分析,包含:转录组、非编码RNA、单基因病外显子、肿瘤外显子、重测序等数据分析,以及全转录组联合分析;农学分析平台可以应用到更多的物种,涵盖转录组、非编码RNA、微生物、蛋白、代谢等数据的分析,以及全转录组联合分析等。点击左侧导航分析
->农学或者医学
打开分析平台列表页面,点击选择您想要使用的分析平台,打开其详细介绍页面,该页面可以看到该平台的应用领域``平台介绍``技术背景``案例``课堂``版本记录
,点击打开软件
即可进入到参数页面。
[info] 提示:
分析平台列表页,logo上带有
极速体验
标签的分析平台支持使用示例数据快速获取一份分析报告,并进行个性化功能体验,可以参考分析平台极速体验分析平台显示
已购买
则可以进行自己数据的分析,显示为未购买
则没有权限分析自己的数据,但仍可以进行极速体验
2. 选择项目
为了方便数据、任务和报告的管理,我们将同属于一个项目的内容会放到一个项目中,因此进行基本分析时需要先选择一个项目,如果没有项目也可以点击+新建
先创建一个项目,见下图。
3. 数据导入
针对FASTQ测序数据,平台支持两种导入方式:
- 方式1:选择文件夹批量导入,双端测序数据必须分别以_1.fq和_2.fq结尾,系统便会自动对数据进行配对,而且多个目录中的文件可以分多次导入进来一起进行分析;
- 方式2:当有某一个样品的数据没有和大部分数据放在同一个文件夹时,可以通过方式2单独导入该样品的数据,双端数据只需导入一个文件,系统会自动识别出配对的另外一个文件导入进来。
导入数据之后,可以根据自己的需要修改样品ID,由于此处设置的ID会体现在分析报告和分析结果中,因此请慎重考虑后再设置,避免重新分析的麻烦。
如果平台上还没有您自己的数据,请参考数据上传先将您的数据传到云平台上。
[warning] 注意:
样品ID目前仅支持字母、数字、中横线,且必须以字母开头,长度不能超过9个字符。
导入数据量
统计的是导入文件中包含的总碱基数,如果超过单次任务允许的上限,您可以通过工具:按大小截取测序数据批量将数据处理到符合要求的数据量。如果提示导入的数据没有
碱基数
这个属性,请点击页面右下角的在线客服
头像,联系客服解决。
4. 基本参数设置
一般在这里选择生信流程版本、设置报告名称等基本参数。
5. 选择参考基因组
对于依赖参考基因组序列进行分析的平台,一定要选择和分析数据对应的参考物种及组装版本,不同版本的参考基因组的详细信息可以点击基因组版本详情
进行查看。
6. 差异分组设置
根据样品信息,进行分组的设置,流程据此进行比较分析。
7. 生成标准分析报告
参数设置完成之后,可以点击保存参数
,方便之后进行重新分析或者基于本次参数进行修改后再次分析;一切准备就绪后,点击提交
将任务提交到百迈客云计算集群上,根据不同分析平台、不同数据量等待大概2小时到3周的时间完成项目分析,获取到标准分析报告。
报告查看,点击项目(管理)
-> 我的项目
打开项目列表,找到之前提交任务时选择的项目,点击项目名称
打开该项目,即可看到新生成的分析报告记录,点击报告名称
查看详细报告。
点击报告右上角的项目结果下载
,可以选择下载HTML报告、PDF报告和结果数据。HTML报告只包括分析报告的html文件及一个src文件夹,展示了部分结果;PDF报告是根据HTML报告转换而来,方便您进行报告打印;结果数据包含了项目中所有结果文件,一般比较大,请耐心等待下载。
灵活多样的个性化功能,助力二次数据挖掘(以转录组分析平台为例)
1. 内涵丰富的功能
2. 简洁的参数设置页面
3. 灵活的基因筛选方式
a. 通过功能关键词、基因ID、基因名、序列信息等进行检索:
通过与绘制的图进行交互,筛选出目的基因,如在下图的KEGG通路富集图中,单击选中感兴趣的通路对应的圈,再点击确定
就可以筛选出指定通路中富集的基因,目前支持交互的图包含:COG分类图、KOG分类图、eggNOG分类提、GO分类图、GO富集图、KEGG分类图、KEGG富集图、聚类热图、维恩图等。
4. 多样的绘图类型
包含柱状图:eggNOG、GO分类图、KEGG分类图,散点图:KEGG富集图、MA图、火山图,其他:热图、venn图、树形图、网络图、通路图等,所有图至少包含一类矢量图,如:PDF或者SVG。
5. 分析结果保存和回显
完成个性化分析之后,您可以将本次分析结果一一保存下来,方便之后再次查看。在个性化结果页面,点击保存
-> 分析结果保存
,然后填写一些本次个性化的相关信息,点击保存按钮,即可以将分析结果保存到研究进展记录
中,参考以下两幅图。
再次查看之前的分析结果,点击研究进展记录
,找到刚才保存的那条记录,点击名称列,即可回显出刚才的分析结果。